Nástroj od svého vzniku neprošel řádnou generální opravou, proto je nutné k tomuto zásadnímu technologickému kroku přistoupit nyní. Základním požadavkem generální opravy bude odborný a zodpovědný varhanářský přístup k jednotlivým dílům a částem nástroje, zejména k varhannímu prospektu, dekoru hracího stolu a zvukové stránce nástroje. Nástroj bude opraven dílensky, tj. bude kompletně demontován (hrací část) a odvezen do dílen, kde bude kompletně očištěn od hrubých nečistot a připraven tak k 1. kontrolnímu dni, kde budou komisionálně odsouhlaseny všechny následné práce za účasti zhotovitele, vlastníka a organologa arcidiecéze.

Na začátku srpna 2021 byl vybrán zhotovitel rekonstrukce, renomovaný varhanář Pavel Stehlík z Karlína na jižní Moravě, který nabídl varhany opravit za celkovou částku 988 tisíc Kč. Varhany budou demontovány v jarních měsících roku 2022 a pokud se bude dařit uvedenou částku vybrat, v roce 2024 by mohly varhany opět zaznít v plné kráse.